Il fut professeur honoraire (depuis 1974) au Muséum. Bien qu'il ne cherchait pas les honneurs, il fut membre de l'Institut (Académie des Sciences, 1963), de l'Académie de Marine (1957), de l'Académie des Sciences d'Outre-Mer (1949), de l'Académie des Sciences et de de l'Académie de Marine de Lisbonne, de l'Académie royale des Sciences d'Outre-Mer de Belgique, quatre fois lauréat (médailles d'or) de la Société de Géographie, de l'Académie des sciences, de la Royal Geographical Society (1960), de l'American Geographical Society (1961). Il fut docteur honoris causa des Universités de Cologne (1965) et de Neuchâtel (1968) et commandeur dans les ordres de la Légion d'honneur, des Palmes académiques et du Mérite Saharien (1962). Depuis 1922, date de son entrée au Muséum, il a signé près de 800 publications et communications sur les sujets les plus divers. 
En effet, naturaliste au sens plein et vrai du terme, Théodore Monod, s'il restait officiellement zoologiste, s'est aussi laissé tenter, au hasard des pistes sahariennes, par la botanique, la géologie, l'archéologie et l'histoire ; mais au-delà de ses activités scientifiques, ce fut un humaniste, ouvert aux joies de la contemplation, au sentiment de l'unité du cosmos, à la splendeur du monde, à la sympathie et à la pitié pour tous les vivants. Grand défenseur de la nature, il se mobilisa sur tous les fronts de la conservation de la nature et des droits des animaux : il fut notamment président du Rassemblement des Opposants à la Chasse (R.O.C.), vice-président de la Société Nationale de Protection de la Nature (S.N.P.N.) et membre du Conseil de la Ligue Française des Droits de l'Animal.Protestant, philosophe, pacifiste, non violent convaincu, il a défendu sans relâche les valeurs de conscience et de responsabilité de l'homme face à ses semblables et a pris position dans toutes les luttes pour le respect des droits de l'homme et le respect de la vie. " Face aux menaces, dit-il, il faut que l'homme s'hominise ". Cet " obscur apprenti chrétien " pense que le christianisme n'a pas échoué mais qu'il n'a pas encore été essayé. Teilhard de Chardin lui avait écrit : " Vous êtes le seul homme, parmi ceux que je connaisse, qui ait à la fois et également en lui le double sens de l'En-haut et de l'En-avant ". Il n'est déçu de rien, sauf peut-être de la disparition du vocabulaire universitaire ou académique de ces mots aussi fondamentaux que " botanique " ou " zoologie ". 
Roland de Miller

L'Adrar Ahnet : Contribution à l'étude archéologique d'un district saharien. Institut d'Ethnologie, coll. Afrique, collection principale : Travaux et mémoires. Musée de l'Homme, Paris, 1932, 202 p. Rel.
Ballade de mes heures africaines. Texte et illustrations de T. Monod. Babel, 1993, 48 p., ill. en coul. Br.
Bathyfolages : plongées profondes. Julliard, Paris, 1954. Réédition Actes Sud, 1991, sous le titre Plongées profondes.
Botanique au pays de l'encens : périple au Yémen. Par T. Monod, en collaboration avec José-Marie Bel. Préface de Marcel Laugel. Gazem Abdel Khaled al-Aghban. Maisonneuse et Larose, Paris ; Solibel, Bruxelles 1996, 143 p., ill. en noir et en coul., cartes. Br.
Les Carnets de Théodore Monod. Rassemblés par Cyrille Monod. Le Pré-aux-clercs, Paris, 1997, 320 p. ill., bibliogr. Br. 110 F. Réédition Presses Pocket N°10441, 1999, 318 p. Br. .
Catalogue des poissons de l'Atlantique du Nord-Est et de la Méditerranée. Par T. Monod, en collaboration avec Jean-Claude Hureau. UNESCO, Paris, 1978, 1014 p. Edition mixte anglais-français. Br.
Le Chercheur d'absolu, suivi de Textes de combat. Sous la direction de Martine Leca. Préface d'Albert Jacquard. Le Cherche Midi, coll. Documents, Paris, 1997, 175 p. Br. 96 F. Réédition Gallimard, coll. Folio N°3120, Paris, 1999, 265 p. Br. .
Contributions à l'étude de l'accident circulaire des Richât (Adrar, Mauritanie). Par Charles Pomerol, sous la direction de T. Monod. Fondation scientifique de la géologie et de ses applications, coll. Mémoires, Coll. principale : Sciences de la terre, N°28, 1973, 190 p. Br.127 F
Désert libyque. Notes de voyage. Sous la direction de T. Monod. Nouakchott et Paris, 1989. Photographies de Jean-François Sers. Arthaud, coll. La Nouvelle Odyssée, Paris, 1994, 240 p., ill. en coul. Br.
Les Déserts. Horizons de France, Paris, 1973, 42 p. Épuisé.
Déserts. Par T. Monod, en collaboration avec Jean-Marc Durou. AGEP, Marseille, 1988, 320 p.
De Tripoli à Tombouctou : le dernier voyage de Laing, 1825-1826. Société française d'histoire d'outre-mer, Geuthner, Paris, 1978. Br.
Dieux d'Afrique. Par T. Monod, en collaboration avec Roger Bastide. Photographies de Pierre Verger. Éditions de la Revue Noire, coll. Soleil, Paris, 1995, 416 p., ill. Rel.
L'Émeraude des Garamantes. Souvenirs d'un Saharien. L'Harmattan, en coédition avec l'A.C.C.T., Paris, 1984, 380 p. Br. 150 F. Réédition : Actes Sud, coll. Terres d'aventure, Arles, 1992, 480 p. Br.
Le Fer de Dieu. Histoire de la météorite de Chinguetti. Par T. Monod, en collaboration avec Brigitte Zanda. Actes Sud, Arles, 1992, 144 p. Br.
L'Hippopotame et le philosophe. (Julliard, coll. Sequana, Paris, 1943 (censurée), 2e édition 1946, 472 p.) Réédition : Actes Sud, Arles, 1993, 464 p. Br.
Le Livre des martyrs : " vie des saints ". Extrait du martyrologe protestant de Jean Crespin. La Cause, Neuilly, 1930, 378 p. Br.
Livre de prières. Tiers-ordre des Veilleurs. Lumière-Flamme-Parfums, Labor, Genève, 1937.
Majâbât al-Koubrâ. Par T. Monod, en collaboration avec Marc de Gouvenain. Actes Sud, coll. Terres d'aventure, Arles, 1996, 246 p. Bibliogr. Br.
Maxence au désert. Un voyage en Mauritanie. Actes Sud, coll. Terres d'Aventure, Arles, 1995, 96 p. Br. 60 F.
Maxence au désert, Méharées, L'Émeraude des Garamantes, Le Fer de Dieu, Majâbât al-Koubrâ, Désert libyque, Plongées profondes. Actes Sud, coll. Thésaurus N°5, Arles, 1997, 1424 p. Br. .
Méharées. (Explorations au vrai Sahara. Éditions Je sers, Paris, 1937, 1947). Réédition : Actes Sud, coll. Terres d'aventure, Arles, 1989, 235 p. Br. Réédition : coédition Actes Sud / Labor / Aire, 1994, 336 p. (coll. Babel N°102, coll. Terres d'aventure) Br.
Pèlerin du désert. Éditions La Table Ronde, coll. Les Petits livres de la sagesse, Paris, 1999.
Plongées profondes : bathyfolages. Actes Sud, coll. Terres d'aventure, Arles, 1991, 181 p. Br.
Sahara, désert magique. Par T. Monod, en collaboration avec Jean-Marc Durou. AGEP, Marseille, 1986.
Sortie de secours. Éditions Seghers, coll. Les Raisons de la colère, Paris, 1991, 278 p. .
Terre et ciel. Entretiens avec Sylvain Estibal. Actes Sud, Arles, 1997, 318 p. Index. Br. . Réédition : coll. Babel N°364, coll. Terres d'aventure. Br.
Vie et mort au désert. Entretiens avec Catherine Béchaux. Le Seuil, coll. Petit point des connaissances, Paris, 1993, 96 p. Br.